Cryo-EM軟體Spider的安裝

Spider的安裝相對簡單多,細節可以參考他們的網頁,在安裝之前先要去下載軟體,因為現在都是免費使用的,所以只要在網頁上把表格填好送出(註冊)即可下載。目前最新的版本是18.03版,安裝過程就只是把檔案放


在你要的目錄解壓縮即可(tar zxvf spiderweb.18.03.tar.gz),然後再建立一些相關的設定檔案即可使用。大部份安裝都會很順利,但有幾點要注意一下:
For spider:解壓縮完就安裝好,記得要alias到對的spider執行檔。
For JWeb:解壓縮完就安裝好,需設定jweb.cshrc或jweb.bashrc。
由於目前大家都是使用64bit的Linux,因此根據預設值只會安裝64bit的library,可是如果要執行JWeb,則需要安裝32bit的libXp這個程式庫。透過root權限執行下列的程式: yum install  libXp.i386 (Redhead Enterprise) or yum install libXp.i586 (Fedora Core)。此外JWeb會用到jai程式庫(java advance imaging),不過設定檔裡面的預設路徑有錯,如果是在c shell下,則需要更改為 setenv JWEBCLASSPATH $JWEB_DIR/linux.WEB.jar:$JAIHOME/ext/mlibwrapper.jar:$JAIHOME/ext/jai_core.jar:$JAIHOME/ext/jai_codec.jar
For Spire:要進到spire目錄裡面再解壓縮一次,然後進到解出來的目錄裡面執行安裝(./install.sh),最後再設定路徑即可。
我的習慣是把所有的設定檔(spider, Jweb,Spire)都放到spider.cshrc裡面,這樣需要使用時只要source一個檔即可。可惜這裡不能放檔案,不然就把設定檔放上來。但我還是把資料備份在下面:
My spider.cshrc

##### For Spider ##########################
setenv SPIDER_DIR "/home/hga1/jow/bin/spider" #installation directory
setenv SPBIN_DIR  "$SPIDER_DIR/bin/"
setenv SPMAN_DIR  "$SPIDER_DIR/man/"
setenv SPPROC_DIR "$SPIDER_DIR/proc/"

if ( $?path ) then
set path=($path $SPBIN_DIR)
else
set path=($SPBIN_DIR)
endif

###### decide which spider binary to use
if ($HOSTTYPE == "x86_64-linux") then   ## for 64bits machine
if ($HOSTNAME == "gannet.csb.ki.se") then
alias spider '/home/hga1/jow/bin/spider/bin/spider_linux_mp_intel64' #for Intel CPU
else                  #For AMD CPU
alias spider '/home/hga1/jow/bin/spider/bin/spider_linux_mp_opt64'
endif
else if ($HOSTTYPE == "i386-linux") then  ## for 32bits computer
alias spider '/home/hga1/jow/bin/spider/spider/bin/spider_linux_mp_intel'
endif

# For use with JWeb, edit following line for actual path of your 'JWeb"
# directory then place all lines in users 'C' shell startup file (.cshrc)

 setenv JWEB_DIR       "/home/hga1/jow/bin/web/jweb/linux"
 setenv JAIHOME        $JWEB_DIR/j2re1.4.2_06/lib
 setenv JWEBCLASSPATH  $JWEB_DIR/linux.WEB.jar:$JAIHOME/ext/mlibwrapper.jar:$JAIHOME/ext/jai_core.jar:$JAIHOME/ext/jai_codec.jar

# Add JWeb and JAI libraries to your $CLASSPATH
if  ( $?CLASSPATH ) then
   setenv CLASSPATH  ${JWEBCLASSPATH}:$CLASSPATH
else
   setenv CLASSPATH  $JWEBCLASSPATH
endif

# Create alias for JWeb location and set maximum memory usage
 alias  jweb  '$JWEB_DIR/j2re1.4.2_06/bin/java -Xmx512m -Djava.util.prefs.syncInterval=2000000 web/StartWeb'

#### Spire setting
 set path=(/home/hga1/jow/bin/spire/spire_linux-1.5.3/bin $path)