Cryo-EM軟體 O12 的安裝

看分子的軟體除了pymol和chimera之外,還有X-ray用來建立atomic model的軟體O,這個軟體最大的好處就是可以做fitting或ducking(把X-ray的分子放入EM map中),用習慣的人會覺得比在做fitting的時候圖形處理層次比chimera好很多,但chimera有一個優點:可以透過自有的演算
法來做auto fitting或是來把手動的fitting做最佳化。Anyways,以前使用O需要註冊,現在O也變成免費軟體,因此取得變得容易許多。
1.到此ftp://xray.bmc.uu.se/pub/alwyn/12.0/下載所有檔案並解壓縮到同一個目錄裡面。
2.因為這是預先編譯好的軟體,我猜是32bit電腦編譯的,因此使用64bit電腦會有一些檔案缺少,可以從舊的電腦copy libg2c.so.0和libglut.so.3.7放到/usr/lib下面,用windows的人還需要下載GLUT32.dll(應該google一下就有了)。
3.安裝完後目錄應該會有(lin_ono代表linux version的O):
bin
binary.o
data
job
lin_ono
__MACOSX
startup.odb
tmp
4.接著在你的home目錄裡面的.bashrc加入下列幾行即可(for bash shell):

export ODAT="/安裝路徑/O12/data/"
export OTMP="/安裝路徑/O12/tmp/"
export OJOB="/安裝路徑/O12/job/"
alias ono="/安裝路徑/bin/O12/lin_ono"