Cryo-EM軟體 auto3dem的安裝

Auto3dem是Dr. Timothy Baker實驗室發展出來的,主要是用來處理正二十面體病毒(酵素)的結構,雖然說可以自動跑,還可以設定email回報,但是個人的淺見是處理過程中還是透過人工的方式來做分析可以得到比較好的結果。在Dr.Baker還在Purdue University的時候,要compile

PFT,OOR或是EM3DR等程式是還蠻具挑戰性的工作,但是這些複雜的問題到了auto3dem後變得簡單很多,主要的原因是他們編寫了成熟的make檔案,並允許所有的程式被Linux上最常用的編譯器來進行編譯。因此現在要安裝auto3dem變得容易許多,以下用單顆處理器的方式說明,如果要安裝平行處理(MPI version),則須先安裝mpich2(mpich2.x86-64, mpich2-devel.x86_64, mpich2-libs.x86_64)在系統裡面。

1.安裝openmotif (取得root權限,然後 yum install openmotif.x86_64 和 openmotif-devel.x86_64)。

2.下載auto3dem v3.13版到電腦目錄裡面,然後解壓縮(tar zxvf auto3dem_v3.13.tar.gz),接著到解完壓縮的目錄裡面。

3.執行make_all serial all 即可開始編譯單處理器版本

4.自己把bin目錄下的程式copy到其他地方,或設定path指向這裡

接著就可以開始跑3D reconstruction啦!