PyMol是一個顯示蛋白分子的圖形化介面程式(為啥寫中文會這麼饒舌...),我喜歡用它的原因在於它可以做出很漂亮的圖來發表在期刊上(跟Chimera, O, RasMol...等比起來)。PyMol對於學生而言是免費的,有教育版可以使用,但是對於postdoc來說,如果不想花錢(subscribe下載已經編譯好的程式),那就得自己動手從source來compile了.
我的電腦配備:
CPU: AMD Phenom(tm) II X4 955 Processor
OS: Fedora 11 (uname -a 或 cat /etc/*-release可查詢)
VGA: Nvidia GeForce GTX 260
安裝PyMol前必須先安裝下列程式:(develop package也要一起安裝)
* tcl-8_4_11.tgz (通常應該都跟系統一起安裝)
* tk-8_4_11.tgz (通常應該都跟系統一起安裝)
* zlib-1_2_3.tgz (通常應該都跟系統一起安裝)
* libpng-1_2_8.tgz (通常應該都跟系統一起安裝)
* python-2_4_2.tgz (通常應該都跟系統一起安裝)
* numeric-24_2.tgz (Old) or numpy (新的)
* pmw-1_2.tgz (跟PyMol一起裝)
* freetype-2_1_10.tgz
--and--
* (freeglut-2_4_0.tgz 或 glut-3_7_6.tgz 其中一個,我是裝freeglut)
在我的電腦裡面 Fedora Core 11,我只額外安裝了:(可透過 yum install 來安裝)
freeglut-2.4.0-16.fc11 freeglut-devel-2.4.0-16.fc11
tkinter
在Red Hat Enterprise 6 workstation,我額外安裝了
python2.6
numpy
freetype-devel
tkinter
freeglut
freeglut-devel
接著執行這個script,它會透過SVN把PyMol的source code下載到電腦目前這個目錄中的pymol子目錄,
或直接執行: svn co https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/trunk/pymol pymol
或直接執行: svn co https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/trunk/pymol pymol
然後進到pymol目錄裡面(cd pymol),輸入 python setup.py build,
取得root權限, 執行安裝程式 (python setup.py install),
接著執行 (python setup2.py install),
取得root權限, 執行安裝程式 (python setup.py install),
接著執行 (python setup2.py install),
如果沒有安裝pmw會出現一個錯誤,
"ImportError: No module named Pmw"
沒關係,PyMol裡面可以安裝pmw (python setup2.py install pmw).
這時就大功告成啦~
把目錄裡面的pymol檔 copy到系統內的路徑即可開始使用!
要更新source code只要道pymol目錄裡面執行
svn up 或 svn_update.sh 即可。
來源參考:http://pldserver1.biochem.queensu.ca/~rlc/work/pymol/cctbx/ 及 http://pymolwiki.org/index.php/Linux_Install
1 則留言:
很好
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